La fundación del Colegio Nacional obedeció a la necesidad de atender a la superpoblación estudiantil, que para 1972 colmaba las aulas de las Instituciones Educativas que eran insuficientes para darles cabida a todos los usuarios de la Secundaria. Para resolver el problema, el Ministerio de Educación Nacional decidió la construcción de un Colegio Nacional de Bachillerato.
Para lograr ese objetivo, el municipio de San Juan de Laboyos (Pitalito), cedió al Ministerio unos terrenos amplios y bien situados, localizados frente a la Normal Nacional, sin protocolizar la escritura hasta la fecha.
El extinto Instituto Colombiano de Construcciones Escolares, construyó, al iniciar 1973, el moderno y cómodo primer pabellón del plantel, que consta de aulas, oficinas y laboratorios distribuidos en dos pisos.
El gobernador de la época, Ex -Senador don Héctor Polanía Sánchez, consiguió la autorización de apertura, sin previa licencia de funcionamiento; por medio de su valiosa gestión ante el Ministerio de Educación Nacional y la designación del Licenciado Gil Salas Sánchez, cono Rector de 12 profesores, cuatro empleados de servicio y un secretario -pagador, quienes asumieron inmediatamente sus funciones, el Colegio inició labore académicas con jornada única el 15 de febrero de 1973 con cinco grupos de primero y tres de segundo de bachillerato que aglutinaban a 294 estudiantes. De la primera nómina sigue prestando sus servicios el profesor Silvio Bravo Díaz.
La inauguración oficial se realizo en abril de 1974 con la presencia del Señor Presidente de la República, Doctor Misael Pastrana Borrero, el Ministro de Educación Doctor Juan Jacobo Muñoz y el gobernador del departamento Don Héctor Polanía Sánchez.
En 1975 se construyó el segundo bloque de salones con el aula múltiple, lo que permitió abrir dos jornadas académicas. Años más tarde se completó la construcción de un tercer bloque y la tienda escolar, lo que contribuyó al mejoramiento del bienestar estudiantil.
El Licenciado Gil Salas Sánchez ejerció el cargo de Rector hasta el 20 de enero de 1979 cuando fue reemplazado por el Licenciado Ismael Efrén Benavides Reyes, quien procedía de la Rectoría del Colegio Nacional Simón Bolívar y ha dirigido el plantel hasta nuestros días.
La visión del colegio busca la excelencia de por medio de la modalidad académica con énfasis en Ciencias Naturales y pretende ubicar a sus egresados en la Universidades e Institutos Tecnológicos del país donde complementen su bagaje intelectual, ético y moral, con una educación laboral que les proyecte a sus comunidades y participen activamente en la toma de decisiones, en el mejoramiento de la calidad de vida, del entorno socioecológico y de las acciones que contribuyan a la solución de los problemas comunitarios de cualquier orden.
Nuestra institución, ofrece el servicio educativo a 1473 estudiantes con edades comprendidas entre los 10 y los 19 años, distribuidos en 34 cursos y dos jornadas. Nos esforzamos cada día por ofrecer mejores servicios pedagógicos y contamos con la orientación psicológica, servicios médico y odontológico, Internet en 17 computadores, televisor con VHS en cada aula de clase, sistema de comunicaciones interna (circuito cerrado de televisión), amplios laboratorios, canchas deportivas, rodeado de un hermoso y pintoresco paisaje natural con árboles frondosos.
El P.E.I. ha implementado diversos proyectos pedagógicos con el fin de proporcionar a los estudiantes una formación integral, entre los cuales tenemos: Escuela y Medios, Banda Juvenil Musical, Lecto -escritura "Club de Lectores Tercer Milenio", Protección del Medio Ambiente y Educación Sexual.
Los logros más significativos los han obtenido en el campo académico, ya que desde hace siete años sus dos jornadas de estudio se han situado en la categoría de Alto Rendimiento Académico, según clasificación establecida por el ICFES. Además, atendiendo a resultados individuales obtenidos por los estudiantes del grado Undécimo, hemos conquistado en seis oportunidades la mención "ANDRES BELLO" a nivel municipal, departamental y nacional.
En el campo deportivo hemos sobresalido en fútbol, siendo campeones municipales y de imtercolegiados en repetidas oportunidades, como lo atestiguan los innumerables trofeos que decoran la oficina rectoral y la biblioteca del plantel. En el año 1999 el colegio se coronó campeón de los juegos intercolegiados municipales.
Los méritos legítimamente conferidos a la institución, se deben a la excelente calidad de los Educadores, a la dedicación de los Empleados y al apoyo continuo de los Padres de Familia que integran la Comunidad Educativa. En 1999 se cumplieron las bodas de plata
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